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在線工具

為了方便廣大科研工作者對各類編碼和非編碼RNA做結構或序列分析、注釋、預測基因靶標、功能查詢等生物信息學內容,我們在此匯集了許多常用的在線工具。
RiboBio Galaxy 生信分析平臺致力于解決生物信息分析中常見的文本處理、格式轉換、以及數據可視化等問題,詳情點擊:http://61.144.92.50:8088/
RiboBio Primer Design ?Tools為用戶提供簡單、方便、快捷的引物設計平臺,提供基礎、標準和高級版,詳情點擊:http://www.yimtwu.icu/service-and-support/ribobio-primer-design-tools/

NCBI

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指美國國立生物技術信息中心,NCBI研究小組包括計算機科學家,分子生物學家,數學家,生物化學家,實驗物理學家,和結構生物學家,集中于計算分子生物學的基本的和應用的研究。這些問題包括基因的組織,序列的分析,和結構的預測。目前研究計劃的一些代表是:檢測和分析基因組織,重復序列形式,蛋白domain和結構單元,建立人類基因組的基因圖譜,HIV感染的動力學數學模型,數據庫搜索中的序列錯誤影響的分析,開發新的數據庫搜索和多重序列對齊算法,建立非冗余序列數據庫,序列相似性的統計顯著性評估的數學模型和文本檢索的矢量模型。另外,NCBI研究者還堅持推動與NIH內部其他研究所及許多科學院和政府的研究實驗室的合作。

miRBase 21.0

miRBase序列數據庫是一個提供包括 miRNA 序列數據、注釋、預測基因靶標等信息的全方位數據庫,是 miRNA 研究權威數據依據之一。microRNA 21.0版是最新版本,新版數據庫的可靠性進一步提升,總計,新增了4196條發夾前體序列和5441條成熟miRNA,并清除了一些不明確的和錯誤注釋的序列。

EXORBASE

EXORBASE是由人血液外體的RNA SEQ數據分析衍生的環狀RNA(CyCRNA)、長非編碼RNA(LNCRNA)和信使RNA(mRNA)的儲存庫,還包括來自已發表文獻的實驗驗證。EXORBASE基于正常人和不同疾病患者的標準化RNA SEQ數據,整合和可視化RNA表達譜。EXOBASE的目的是收集和表征人類血液外體中的所有長RNA物種。提供了注釋、表達水平和可能的原始組織。EXORBASE將幫助研究人員識別血液外體中的分子標記,并將觸發新的循環生物標志物發現和人類疾病的功能含義。

piRNABank
piRNA數據庫是由印度科學家SaiLakshmiS及其合作者建立,以保存新發現的piRNA序列。piRNABank收錄了最全面piRNA序列信息,其收錄了包括人、小鼠和大鼠的近2000萬個piRNA相關序列,經過同源序列去除、基因組定位等篩選,得到10萬多個在基因組中具有唯一靶位點的piRNA序列。數據庫支持物種和染色體方式的多種的搜索方式。piRNABank也可以在基因組大圖譜上顯示每個piRNA或piRNA簇。
DIANA-LncBase
提供lncRNAs上的miRNA靶的綜合注釋, DIANA-LncBase保存了全轉錄組實驗驗證的和計算預測的人類和小鼠lncRNAs上的miRNA識別元件。 DIANA-LncBase中有效的實驗支持條目超過了5000對相互作用,計算預測的相互作用超過1000萬對。DIANA-LncBase保存了每個miRNA-lncRNA對的詳細信息,例如外部鏈接,轉錄本基因組位置的圖形繪制,結合位點的表征,lncRNA組織表達以及MREs的保守性得分和預測得分。
Starbase
Starbase是做lncRNA/circRNA/microRNA等研究常用的強大數據庫,Starbase以多種測序數據為支持,整合多個預測軟件,能夠幫我們解決以下這些問題:①根據microRNA找非編碼RNA(比如lncRNA,circRNA等);②根據microRNA找mRNA靶點;③查找ceRNA調控分子;④查找RNA的結合蛋白。
circRNADisease
circRNADisease是一個由circRNA和疾病實驗人工支持的數據庫,是了解人類疾病中circRNA作用的重要知識來源。circRNADisease中的每一個條目包括關于circRNA和疾病名稱、circRNA表達模式、實驗技術、circRNA合作伙伴、關于circRNA的簡短功能描述、文獻參考和其他注釋。
CSCD癌癥相關的circRNA
CSCD(癌癥特異性CyrRNA數據庫)是為癌癥特異性環蛋白開發的數據庫。CSCD收集了來自87個癌細胞樣品的可用RNA測序(總RNA與rRNA耗盡或波利亞富集)數據集。我們使用了4種流行的算法:CIRI、FIDEXCIRC、CURCRNAX FIDER和CURCExpRever進行了綜合分析。然后我們收集僅在癌癥樣本中鑒定的CurcRNA,而不是任何正常樣品。目前在CSCD有272152種癌癥特異性環蛋白。
CycPediaV2
CycPediaV2是一個更新的綜合數據庫,包含來自六個不同物種的超過150個RNA SEQ數據集的circRNA注釋,允許用戶搜索、瀏覽和下載具有各種細胞類型/組織(包括疾病樣本)的表達特征/特征的circRNA。此外,更新的數據庫結合了人與小鼠之間的CrCRNs的保守性分析。最后,Web界面還包含用于比較樣本之間的CyrRNA表達的計算工具。
GO富集性分析
在獲得特定的基因集之后,GO功能顯著性富集分析能夠確定差異基因行使的主要生物學功能。GO主要有三個ontology(ontology:Biological Process、Cellular Component、Molecular Function),分別描述基因的分子功能(Molecular Function)、細胞組分(Cellular Component)和生物過程(Biological Process)。GO的基本單位是term,每一個term都對應一個屬性。
KEGG富集性分析
KEGG 顯著性富集分析能確定差異表達基因參與的最主要的生化代謝途徑和信號轉導途徑。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)是有關Pathway的主要公共數據庫。在生物體內,不同基因相互協調行使其生物學功能,Pathway的分析有助于更進一步了解基因的生物學功能。
了解更多:https://www.kegg.jp/
TANRIC數據庫
TANRIC數據庫: 是lncRNA研究的利器,是癌癥非編碼RNA的地圖集,包括20種癌癥,超過8000個樣品。TANRIC是一個交互式的數據分析和可視化平臺,含有三大類的數據,包括lncRNA注釋信息,RNA-Seq數據以及profiling數據。
FRNADB
FRNADB是一種新穎的數據庫服務,它承載大量的非編碼轉錄本,包括來自H-IV數據庫的注釋/非注釋序列,非編碼和RNADB。對包含的序列進行了一組計算分析。這些分析包括RNA二級結構基序發現、EST支持評價、順式調控元件搜索、蛋白質同源性搜索等。
預測circRNA結合靶點—CircInteractome
數據庫CircInteractome預測了已知的109個RNA結合蛋白數據集與circbase中的circRNA的結合位點,并利用Targetscan軟件預測了miRNAs與circRNA的潛在結合位點。可進行circRNA分子檢索、circRNA結合蛋白預測、PCR引物設計、siRNA干擾序列設計等操作。
韋恩圖
用于顯示元素集合重疊區域的圖示,能夠展示不同數據之間的交集、差集,最多可以輸入30個列表。
Ensembl

Ensembl

ActhBl是脊椎動物基因組的基因組瀏覽器,它支持比較基因組學、進化、序列變異和轉錄調控的研究。Actubl注釋基因,計算多重比對,預測調節功能并收集疾病數據。集成工具包括BLAST、BLAT、BIOART和所有受支持物種的變異效應預測器(VEP)。
了解更多:
http://www.ensembl.org/index.html

Ensembl

piRNApredictor

用于預測piRNA序列信息,該軟件不依賴基因組數據來鑒定非模式生物piRNA,在線軟件給出的piRNA高精度預測結果,對表觀遺傳學、調控網絡與piRNA功能的進一步研究有重要理論意義和應用價值。目前,在線軟件piRNApredictor已被國外科研機構用于豬的piRNA研究中。
了解更多:
https://omictools.com/pirnapredictor-tool

RNAfold web server

RNAfold web server

用于預測RNA分子二級結構,輸入我們需要研究的RNA序列,系統通過計算,運行結果將會顯示不同的結構表示,我們可以根據自己的需要進行選擇。
了解更多:
http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

NRED

NRED

提供人和小鼠的長鏈非編碼RNA在芯片數據的表達信息。這也是John?mattick實驗室構建的網站。

LncRNADisease database

LncRNADisease database

長非編碼RNA疾病數據庫(lncRNA and disease database, LncRNADisease),這一數據庫收錄了160多種和長非編碼RNA有關的疾病,并集成了一個生物信息學工具用以預測新的人類長非編碼RNA和疾病的關系。
了解更多:
http://www.cuilab.cn/lncrnadisease

CyrRNADB數據庫

CyrRNADB數據庫

CyrRNADB數據庫是一個全面收錄人類circRNA的數據庫,它是免費提供的,該circRNA數據庫的最新版本包含32914個注釋的外顯子環,并且可以是大規模研究circRNA的寶貴資源,特別是在人類中。
了解更多:
http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php

UniProt蛋白序列與功能

UniProt蛋白序列與功能

UniProt為科學界提供一個全面、高質量、可自由獲取的蛋白質序列和功能信息資源。

了解更多:
https://www.uniprot.org/
LNCipedia

LNCipedia

對人類的長鏈非編碼RNA的序列和結構全面的注釋。

ExcOctA外泌體數據庫

ExcOctA外泌體數據庫

外泌體是由大多數細胞類型分泌的內吞細胞來源的30~150 nm的膜囊泡,ExcOctA是一個外泌體數據庫,提供了在多個生物體中的外來體中識別的內容。

了解更多:
http://www.exocarta.org/
Vesiclepedia胞外囊泡數據庫

Vesiclepedia胞外囊泡數據庫

Vesiclepedia是一個專門收錄胞外囊泡研究的數據庫,涉及到的物種有33個,來源研究538個,包含了凋亡體,微泡,外泌體等在內的囊泡中發現的miRNA/mRNA/蛋白 /脂類。

EVpedia

EVpedia

EVpedia是一個收錄了原核和真核生物胞外囊泡研究的數據庫。該數據庫包含不同囊泡研究(包括外泌體)中發現的miRNA/mRNA/m蛋白/脂類/代謝產物及其對應的marker。除此之外,該數據庫還可以進行數據分析和功能注釋。
了解更多:
http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/

The Functional lncRNA Database

The Functional lncRNA Database

一個哺乳動物lncRNA數據庫。要搜索一個特定的lncRNA,在搜索框中輸入其名稱下面,選擇合適的品種。或者,你可以瀏覽所有lncRNAs一次。目前,該數據庫包含來自人,小鼠和大鼠的lncRNAs。
了解更多:
http://www.valadkhanlab.org/database

lncRNAdb

lncRNAdb

提供有生物學功能的長鏈非編碼RNA的全面注釋。這是長鏈非編碼RNA研究領域的大牛John mattick實驗室構建的網站。

NONCODE

NONCODE

提供對長鏈非編碼RNA的全面注釋,包括表達和該團隊開發的ncFANs計算機軟件預測的lncRNA功能,這是非編碼RNA研究的知名數據庫。

GeneCards v3

GeneCards v3

GeneCards是一個可搜索的集成的人類基因數據庫,提供了簡潔的基因組相關的信息,對所有已知和預測的人類基因。

NCBI/ BLAST

NCBI/ BLAST

序列分析常用工具。BLAST發現生物序列之間的相似區域,該程序將核苷酸或蛋白質序列與序列數據庫進行比較,并計算統計學意義。

Linc2GO數據庫

Linc2GO數據庫

該數據庫旨在提供人類lncRNA的全面功能注釋,整合了microRNA-mRNA以及microRNA-lncRNA相互作用數據以基于“ceRNA假說”產生lncRNA功能注釋。

lncLocator: long non-coding RNA

lncLocator: long non-coding RNA

由上海交大模式識別與生物信息學研究組開發,用于預測lncRNA在亞細胞中的定位。

UCSC Genome Browser

UCSC Genome Browser

UCSC Genome Browser網站包含有人類、小鼠和大鼠等多個物種的基因組草圖,與ENCODE同步更新,并提供一系列在線分析工具,用戶能夠通過它可靠和迅速地瀏覽基因組的任何一部分,并可得到與該部分有關的基因組注釋信息,可免費下載。
了解更多:
http://genome.ucsc.edu/

TCGA

TCGA

TCGA是美國國家癌癥研究所(NCI)和國家人類基因組研究所(NHGRI)合作數據庫,已產生了33種癌癥的關鍵基因組變化的全面、多維圖譜。TCGA數據集已經公開,包括兩個以上的基因組數據,并且該基因組信息有助于癌癥研究團體改善癌癥的預防、診斷和治療。
了解更多:
https://cancergenome.nih.gov/

circNet

circNet

整合circRNA-miRNA-mRNA的互作網絡。

circRNA檢索數據庫

circRNA檢索數據庫

用于檢索circRNA信息。

了解更多:
http://www.circbase.org/
CircPro

CircPro

CircPro是自動化高通量數據分析流程,它能夠檢測circRNAs,預測其蛋白質編碼潛力,并發現Ribo測序數據的連接讀取。

cystoscape網絡圖

cystoscape網絡圖

Cytoscape是一個專注于開源網絡可視化和分析的軟件,它可以建構分子交互作用網絡,以可視化的方法將分子間的互作關系展現出來。

catRAPID

catRAPID

大規模預測RNA與蛋白質相互作用的算法。

弦圖(Chord Diagram)

弦圖(Chord Diagram)

弦圖是為了表示一組具有相互關系的單位之間的聯系,通常連線表示具有聯系,連線的粗細表示權重。可以用于展示基因融合、共表達、蛋白互作等信息。
了解更多:
http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

ceRNA功能研究數據庫:circNet

ceRNA功能研究數據庫:circNet

circNet 是ceRNA功能研究數據庫,circNet利用464個RNA-seq測序數據,進行新circRNA預測及基因組注釋,并計算已知的及新預測的circRNA表達情況,構建circRNA-miRNA-gene調控網絡。
了解更多:
http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

聚類圖

聚類圖

聚類分析是一種在高通量數據中常用的無監督分類方法。通過特征集計算樣本之間的相似性,構建相似性矩陣,然后根據一定的原則進行聚類,最終實現將相同或相似類型的樣本聚類在一起,可以直觀的觀察樣本之間的差異。
了解更多:
http://www2.heatmapper.ca/expression/

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